Si con eso que te dice @pateketrueke, haces la substitución, ahora que tendrias que hacer una script que abra los archivos indicados, haga el reemplazo y los vuelva a guardar. Por ejemplo con readdir() vas recorriendo cada directorio, filtras las extensiones necesarias (php. html....) , fopen() fwrite().. etc
Pero para 2000 archivos, no sé. Yo en particular cuando tengo que hacer algo asi, utilizo un buen editor de texto que haga reemplazos en archivos multiples, y lo voy haciendo por tandas, de a 100.
Otra herramienta muy buena para eso (si es que usas Windows) es
http://www.digitalvolcano.co.uk/content/textcrawler
Saludos