Muy buena pregunta carnal!! es dificil saber cuando no sera necesario ponerse a matar cucarachas a cañonazos o cuando es cuestion de profesionalizarse como phpero que te aconsejaria??
veo que utilzas las funciones nativas para ejecutar tus consultas ,¿que tal adodb o pdo?
veo que usas javascript puro, que tal jquery?
no veo seguridad en tu logeo , que tal investigar un poco acerca de inyecciones sql?
veo que en tu Login.php se mezcla php directamente con el html , bien podrias utilizar unsistema de plantillas para esto , o aun mejor , utilizar mvc para hacer todo este proceso.
Son sugerencias, opiniones en si tu codigo esta bien (tal vez si es necesario checar lo de las inyecciones) pero si quieres mejorar como phpero conviene entrarle a estos temas para que no cualquier chango llegue y te quiera chorear
te dejo un articulo que alguna vez lei que se me hizo muy enriquecedor
http://phpsenior.blogspot.com/2006/1...p-debemos.html