El .htacces se coloca en cada directorio que quieras aplicarle dichas propiedades .. Si tienes subdirectorios (creo) que afectará ese .htacces a las ramas inferiores.
Tambien lo puedes hacer en tu httpd.conf en las directivas <directory ....>
Pero, te recomiendo que leas el manual de Apache para ver todos esos detalles:
http://httpd.apache.org
Un saludo,