Esto es mas un problema de Apache que de PHP pero intentare ayudarte.
Hasta donde yo se puedes editar el httpd.conf para denegar el listado de carpetas:
http://www.felipecruz.com/blog_disab...ing-apache.php
Otra opcion menos ortodoxa es la que has comentado. Añadir un index.html/.php al subdirectorio de manera que se muestre dicho archivo automaticamente en lugar del contenido del directorio pero si apache esta bien configurado no tendria por que haber necesidad.
Creo que tambien se puede modificar desde el .htaccess pero ahi ya no estoy tan seguro.
Prueba y nos cuentas
