Cual es la mejor manera de realizar un SQL Query en mi aplicacion?

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Yo tambien decidí irme por la primera, pero tuve problemas con Smarty, y siendo que es la primera vez utilizandolo, decidi optar por la segunda despues de 2 horas de lidiar con la logica de Smarty, ademas traté de seguir el principio de Smarty lo mas que pude, en separar la logica del diseño.
Pero muchas gracias