Hola buenas de nuevo,
Si, eso también lo puedes especificar de manera individual, pero para mi, no tiene mucho sentido tener que pasar por un validador para limpiar una variable, ya que la puedes necesitar por ejemplo, por get.
Dentro del archivo de configuración de tu app (recuerda que puede ser multiapp), tienes la siguiente linea:
$config['global_xss_filtering'] = TRUE;
Con esta linea puedes hacer que se limpien de manera automática.
Para más info:
http://codeigniter.com/user_guide/libraries/input.html
Un saludo!