Cuando accedes por ftp deberias de tener en la raiz / una carpeta llamada por ejemplo
www.tupagina1.com y otra
www.tupagina2.com
Lo que metas en cada carpeta es lo que mostrara el dominio correspondiente... independientes una de otras....
Deberias de tenerlo asi... la verdad que me lio un poco tu problema....
Saludos.