Solucionado. El problema estaba en que en layout.phtml no se renderiza como una vista ya que no pasa por el flujo render de Zend.
Lo que he hecho es colocar el echo $this->jQuery(); al final del body.
Mi Layout.phtml
Código PHP:
<?php echo $this->doctype(); ?>
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" collation>
<head>
<?php echo $this->headMeta(); ?>
<?php echo $this->headTitle(); ?>
<?php echo $this->headLink()->prependStylesheet($this->baseUrl()."/css/estilo.css")."\n"; ?>
</head>
<body>
<?php echo $this->menuLateral(); ?>
<?php echo $this->menuSuperior(); ?>
<div id="content" class="content">
<h1><?php echo $this->escape($this->title); ?></h1>
<?php echo $this->layout()->content; ?>
</div>
<?php
//Código jquery. No se pone en la cabecera por que si no no renderiza el código jquery del layout
$jQuery=$this->jQuery();
$jQuery->setLocalPath($this->baseUrl()."/js/jquery.js");
$jQuery->setUiLocalPath($this->baseUrl()."/js/jquery-ui.js");
$jQuery->addStyleSheet($this->baseUrl()."/css/jquery-ui-1.8.14.custom.css");
echo $this->jQuery();
?>
</body>
</html>
Si alguien conoce una práctica mejor agradecería comentarios. No me gusta eso de tener el javascript en el body.