http://bleachbit.sourceforge.net/
Es el programa más apropiado para hacer lo que querés. En principio se pueden eliminar archivos de idiomas que no usarás, o documentación bajo /usr/doc. También se puede eliminar el contenido completo de /tmp (aunque quizás solamente valga la pena si tu distribución no monta ya como tmpfs) y de /var/tmp
El problema principal es que tu partición es muy pequeña.
Saludos.