El Workbench puede crear la base desde un script de SQL. Es parte de las opciones.
En cuanto a conector... Bueno, El Workbench también tiene su propio medio de comunicarse con MySQL, simplemente poniendo password, username, puerto y opcionalmente la base en la que trabajarás.
Exactamente como lo has hecho en el Query Browser.
Configurarlo, en realidad no se necesita. Es una aplicación de uso directo y en todo caso es lo que t
e permite configurar el servidor, en casi todos sus parámetros.
El mejor consejo sería que lo bajes, lo instales y lo pruebes. Los manuales están en inglés, de modo que si no estás habituado a manejarte con ellos, será mejor que lo hagas. De todos modos todos los puedes ver on-line o descargarlos en PDF de la pagina oficial (
MySQL Documentation: MySQL Workbench).
¿Por qué no empiezas yendo a los links que te doy y comienzas a usarlo?
Después veremos los detalles.