La primera ventaja es básica: El MySQL Workbench está desarrollado por la misma gente del proyecto MySQL... o sea, pertenece a la misma orientación y maneja a MySQL de forma nativa.
MySQL Query Browser y MySQL Administrator fueron proyectos anteriores, ya completamente discontinuados, y que terminaron originando al Workbench. Por eso mi consejo es que instales directamente el WorkBench (descargar de:
Download MySQL Workbench)
¿Ventajas adicionales?
- Reconocimiento sintáctico.
- Diagramas de de base de datos (herramienta gráfica).
- Diagramas por ingenería inversa.
- Sincronización de modelos (incluyendo vistas, triggers, procedures, functions).
- Administración completa de servidores de bases de datos.
- Multisesiones en todas las herramientas.
- Editor de datos.
- Pruebas de scripts secuenciales.
... un largo etcétera.
En definitiva, es una herramienta de diseño, administración y desarrollo bastante completa.