Yo he probado lo que tu dices y si funciona, no muestra dos libros, sólo el primero. 
 
En cualquier caso si quieres obligar al usuario a meter de nuevo el ISBN solo hace falta otro bucle.    
Código C++:
Ver original#include <iostream>
#include <iomanip>
 
 
using namespace std;
 
 typedef struct{
    int ISBN;
    char nombre_libro[100];
    char editorialfadeIn[100];
    int numero_edicionfadeIn;
    char autorfadeIn[100];
    int identificadorfadeIn;
    char nombrefadeIn[100];
    char apellidosfadeIn[100];
    int fecha_registrofadeIn;
    int estadofadeIn;
 } datos_libros;
 
 
 
int buscar(datos_libros vector[],int longitud, int valor){
 
   for(int i=0;i<longitud;i++){
      if (vector[i].ISBN == valor)
          return i;
   }
   return -1;
 }
 
 
int main ()
{
    
    datos_libros libros[4];
    int opcion;
    int i = 0;
    int j = 0;
    int z;
    int y;
    string respuesta;
    int ISBN = 0;
    
    
    while( respuesta.compare("N")!=0 && respuesta.compare("n")!=0)
    {
       cout<<"******Biblioteca Publica^El Raton Feliz^******"<<endl;
       cout<<endl;
       cout<<"Digite #1, para ingresar nuevo socio."<<endl;
       cout<<"Digite #2, para cambiar estado del socio."<<endl;
       cout<<"Digite #3, para ingresar nuevo libro."<<endl;
       cout<<"Digite #4, para prestar libro."<<endl;
       cout<<"Digite #5, pàra recibir libro."<<endl;
       cout<<"Digite #6, para desplegar lista de libros."<<endl;
       cout<<"Digite #7, para desplegar lista de socios."<<endl;
       cout<<"Digite #8, para desplegar lista de libros prestados actualmente"<<endl;
       cout<<endl;
       cout<<"Que opcion desea realizar?"<<endl;
       cin>>opcion;
       
        switch(opcion){
             
         case 1:
              if(i<4)
              {
              cout<<"******Ingreso de nuevo socio******"<<endl;
              cout<<endl;
              cout<<"Ingrese nombre del socio # "<<i<<":"<<endl;
              cin>>libros[i].nombrefadeIn;
              cout<<"Ingrese apellidos del socio:"<<endl;
              cin>>libros[i].apellidosfadeIn;
              cout<<"Ingrese cedula:"<<endl;
              cin>>libros[i].identificadorfadeIn;
              cout<<"Ingrese fecha de registro:(formato dd/mm/aaaa)"<<endl;
              cin>>libros[i].fecha_registrofadeIn;
              i=i+1;
              }
              else
              {
                  cout<<"ERROR/No se pueden ingresar mas datos/Memoria de socios llena"<<endl;
               }               
             break;
           case 3:
              if(j<4)
                       {
                       cout<<"******Ingreso de Nuevo Libro******"<<endl;
                       cout<<endl;
                       cout<<"Ingrese el nombre del libro nuevo # "<<j<<":"<<endl;
                       cin>>libros[j].nombre_libro;
                       cout<<"Ingrese el ISBN del libro:"<<endl;
                       cin>>ISBN;
                        while (buscar(libros,j,ISBN)!=-1){
                         cout << "Ya has introducido un libro con ese ISBN" << endl;            
                         cout<<"Ingrese el ISBN del libro:"<<endl;
                         cin>>ISBN;
                       }        
                       
                       libros[j].ISBN = ISBN;
                       j=j+1;
                       }
                       else
                       {
                           cout<<"ERROR//Memoria de libros llena"<<endl;
                           }
                           break;
                          
           case 6:
                         
                            cout<<"Nombre del Libro"<<setw(20)<<"ISBN"<<endl;
                            z=j;
                            for(int j=0;j<z;j++)
                            cout<<libros[j].nombre_libro<<setw(16)<<libros[j].ISBN<<endl;
                            break;
                            
           case 7:
                        
                              cout<<"Socios"<<setw(20)<<"Cedula"<<endl;
                              y=i;
                              for(int i=0;i<y;i++)
                              cout<<libros[i].nombrefadeIn<<setw(8)<<libros[i].apellidosfadeIn<<setw(13)<<libros[i].identificadorfadeIn<<endl;
              }
       }
                              
                              
       cout<<"Desea realizar otra accion. s/n?"<<endl;
       cin>>respuesta;
        return 0;
       }
  
Fíjate que he cambiado los if anidados por switch que es muy útil en este caso.