Algunas cosas no me quedan claras:
Cita: la base de datos lo que hago es crear el backup ( desde la base de datos no desde la aplicación)
¿Y qué usas para crear el backup? Pregunto porque el núcleo del MySQL mismo no tiene recursos propios para crear backups. Esos los hace por medio de el mysqldump.exe, MySQL Administrator, el MySQL Workbench o alguna aplicación de terceros, como es el phpMyAdmin.
Cita: pienso que es un problema de version del DBManager
Y qué versión estás usando?
Cita: o talvez a la hora de hacer el backup deba borrar las consultas que estan en el script..
¿Es decir que has incluido consultas dentro del backup? ¿O el backup va por un lado y el script que mencionas va por otro? ¿Qué script es ese?