Está claro que si es una matriz multidimensional, tienes que recorrerla con dos bucles for, aunque también está la posibilidad de utilizar un bucle foreach (sólo si quieres imprimir los elementos de la matriz).
El problema que veo es que realizas los bucles al reves:
Código C#:
Ver originalstatic public void baja_cliente()
{
datos();
string opcion="0";
Console.Write("ingrese cedula :");
opcion = Console.ReadLine();
for (int i = 0; i < nfilas; i++)
{
for (int j = 0; j < ncolumnas;j++)
{
if (opcion == clientes[i, j])
{
Console.WriteLine(clientes[i, j]);
}
}
}
}
Fíjate en como se realiza el doble bucle (a diferencia de como lo has intentado hacer). Si quieres salir del bucle al llegar a la opción elegida, utiliza break.