Primero no uses <? sino <?php para abrir.
Segundo, tu problema está concatenando. Usas las comillas mal. Le faltan comillas al onclick y pones unas con simples y otras con dobles en las propiedades del input sin escaparlas.
Algunas cosas puestas así pueden funcionar en algunos navegadores, pero también puede dar problemas.
Escapa las comillas y si no sabes concatenar ni escaparlas date un salto por el manual
Código PHP:
<?php
while ($row = mysql_fetch_array($query))
{
echo '<td><input type="checkbox" name="'.$row['alquilado'].'" id="alquilado" value="si"></td>
<td><a onClick="popup_archivos(\'http://paginaweb.php?numero='.$row['numero'].'\')">Click aqui</a></td>';
}
?>