Aparentemente el JDBSampler tiene una serie de bugs para consultas que retornan muchos resultados. Puedes probar a limitarlos.
Tb he visto que hay una persona que ha hecho un jar para mejorar dicho sampler.
Puedes leer y obtenerlo en la siguietne dirección y probarlo. Fijate en los comentarios de la gente que han tenido el mismo problema que tu:
http://rubenlaguna.com/wp/enhanced-j...che-jmeter-22/
cuestion de probar con el jar que proporcionan en la pagina que te enlazo a ver si mejora el rendimiento de jmeter con el jdbcsampler.
Saludos