Por consola en MS-DOS pudieras hacer algo como esto:
Inicio -> Ejecutar -> cmd (Enter)
al salirte la ventana de consola te ubicas en la Unidad de Pen y escribes:
attrib -h *.*
con esto los archivos ocultos apareceran.
Nota: Si ubicas 1 Cd Live como por ejemplo 1 de Ubunto, podrias revisar tu PenDriver y asi facilmente ver todo su contenido y hasta eliminar los virus.