En linux el directorio "raíz" para la aplicación es desde donde se hace la llamada.
http://www.forosdelweb.com/f45/como-...-class-229450/
Un truco que yo utilizo es crear un .sh en el directorio de la aplicación, y ese es el que llamo desde fuera. Me evita el modificar classpath y puedo mover/renombrar tranquilamente el directorio, sigue funcionando.