En teoria, el lector analiza el codigo de barras y "lo traduce" a caracteres, enviandolos directamente a la aplicacion, exactamente como si lo teclearas, de manera que el software (PHP o cualquier otro que uses) no se entera si usaste lector, teclado o algun otro dispositivo de entrada.
Desconozco si hay emuladores, pero si se que hay lectores de codigo que cuestan menos de 50 USD, aunque habria que ver la calidad.