Creo que el problema que tienes es que no has estudiado mucho sobre programación orientada a objetos. Aunque puedes utilizar programación estructurada en Java, lo ideal (por eso es un lenguaje OO) es usar objetos y relacionarlos entre ellos, no tener clases que no se comunican apenas entre ellas.
Los diagramas de clases son de lo más sencillo dentro de los diagramas que existen en UML.
Por ejemplo, si una clase contiene un atributo que es una clase a su vez, eso es una agregación o composición (dependiendo de que tan fuerte sea la relación) y tiene su forma de expresarlo en UML:
http://icrovett.wordpress.com/2010/0...s-composicion/
Luego existe la herencia, que se usa mucho en POO y la cual tiene su propia manera de definirse en UML.
Existen otras relaciones: asociaciones, dependencias, ...
Si el programa que has hecho no tiene estas cosas, es que no has utilizados POO y el diagrama de clases no va a ser más que los dibujos de las clases sin relaciones entre ellas (excepto quizás de asociación, porque supongo que usas ciertas clases en otras).