Hola, así:
Código PHP:
$this->bootstrap('layout');
$layout = $this->getResource('layout');
$view = $layout->getView();
$config = new Zend_Config_Xml(APPLICATION_PATH.'/configs/navigation/navigation.xml');
$navigation = new Zend_Navigation($config);
$view->navigation($navigation);
Supongo que ahí está el problema, pero no lo veo.