Para los que tengan un problema parecido al mio a qui les dejo una posible solucion
con ftp_rename
Código PHP:
$ftp_server="ftp.server.com";
$ftp_user_name="[email protected]";
$ftp_user_pass=$clave."passs";
$conn_id = ftp_connect($ftp_server);
echo "$conn_id, $ftp_user_name , $ftp_user_pass";
$login_result = ftp_login($conn_id, $ftp_user_name, $ftp_user_pass);
$old_file = 'folios_sucursales.sql';
$new_file = 'traspasos/pesos.sql';
// establecer una conexión básica
$conn_id = ftp_connect($ftp_server);
// iniciar sesión con nombre de usuario y contraseña
$login_result = ftp_login($conn_id, $ftp_user_name, $ftp_user_pass);
$old_file = 'folios_sucursales.sql';
$new_file = 'traspasos/pesos.sql';
// intentar renombrar el archivo $old_file a $new_file
if (ftp_rename($conn_id, $old_file, $new_file)) {
echo "se ha renombrado $old_file a $new_file con éxito\n";
} else {
echo "Hubo un problema al renombrar $old_file a $new_file\n";
}
Al momento de renombrar lo mandamos a la carpeta que nosotros queramos y se soluciona el problema

