aqui agrego unas images del top de cada servidor, sirve para ver donde esta el problema.
dedicado 2 GB, se nota el consumo excesivo de php-fpm por varnish y nginx no consumen relativamente nada, claro si el load en el server es alto afecta a todos por igual.
mysql mismo nodo conexion 100 Mb soft Percona-Server
el mysql esta optimizado según nosotros, la base de datos pesa en este momento. 38M resultado obtenido con du -h
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el mysql si esta en una vps algo limitada pero no excede sus recursos, aunque siempre es bueno tener mas.
saludos.