yuo2, si lo que quieres una respuesta sin más aporte que un simple sí, estás en en lugar equivocado. aquí no solo damos respuestas, promovemos el autorazonamiento.
Como sea, si es posible usar MVC en un software de escritorio, pero estás más enfocado a web ya que en un entorno web es mucho muy útil separar el HTML de tu código Java (en este caso), lo cual no significa que no puedas separar de la misma manera en una aplicación con Swing, por ejemplo.
Saludos