Hola:
Las páginas navegables, sí o sí deben ser completas (con sus encabezados, titles, metas...), luego puedes hacer la petición con otro parámetro para omitir esos encabezados y demás...
<a href="destino.php" onclick="enlazar_con_ajax('destino.php?con_ajax')" >...</a>
Luego en destino.php...
Código:
if (!empty($_GET["con_ajax"])) echo <<< encabezados
<doctype...
<html>...
...etc...
encabezados;
// aquí la respuesta sin ajax...y no nos olvidemos los pies (bigfoods)
Saludos