Hola:
Puede haber muchas razones para desactivar javascript durante sesiones. Yo normalmente lo tengo activado, pero me gusta probar la accesibilidad tanto de mis sitios como de terceros.
También hay páginas que terminan hartando, de tanto efecto "chorra"... y por eso mismo sé que hay quienes lo desactivan.
Por cierto, he leído por ahí que no es válido el "noscript" en el head...
Saludos