En España en realidad no es tan complicado.
Llenas un papel, pagas 200€ al mes y luego haces la declaración trimestral que es relativamente sencilla aunque, mas por no gastar un rato que por otra cosa, mucha gente contrate un profesional. Además estos profesionales son especialistas en sacar desgravaciones de debajo de las piedras
De lo que nos solemos quejar los españoles no es de ser autonomos sino de los 200€ que hay que pagar siempre, aunque ganes poco o nada. Yo me alegro de no ser ya autonomo "real"
Por otra parte si te pillan en España con una empresa en Mexico pero operando desde España sin tener aqui una "sucursal" vas a pasar una temporadita a la sombra o pagar una multa nada divertida.