Hola Nukelino:
Te voy a decir cómo lo uso yo:
En el head procuro poner las cosas que sirvan para toda la página, y en el body solo uso líneas del tipo document.write...
Voy a ponerte un ejemplo que suelo usar para poner líneas de colores:
<head>
<script>
function lineaAzul() {
var linea = "<table width=100% height=3><tr><td style='background-color:blue;width:100%'></td></tr></table>";
return linea;
}
</head>
<body>
<script>
document.write(lineaAzul());
</script>
</body>
La verdad es que el script que uso es más complejo, pero para el caso creo que es suficiente para que veas el funcionamiento.
Saludos
