Hola Crasher:
La regla básica para la comunicación está en que al popup se le dá un nombre cuando se abre: ventana = window.open(...)...
y la ventana abierta reconoce a la que la abrió con opener...
Entonces, si el select está en el popup podrías poner algo así:
<select onchange="opener.cambiar(this.value)"...>
Y en la abridora necesitarías tener la función cambiar...
Espero que te sirva...
Saludos