He puesto los puntos y coma y me salen dos errores:
<? php
...

// prepara el acceso a la base de datos
...
// prepara filtro por comarca
if ( isset($comarca)) {
$filtro = " WHERE (comarca LIKE '$comarca ')";
} else {
$filtro = "";
}
// prepara filtro por tipo de casa
if ( isset($tipo)) {
if ($filtro == "") {
$filtro = " WHERE (tipo LIKE '$tipo')";
} else {
$filtro .= " AND (tipo LIKE '$tipo')";
}
}
// prepara filtro por capacidad
if ( isset($capacidad)) {
if ($filtro == "") {
$filtro = " WHERE (tipo capacidad >= $capacidad )";
} else {
$filtro .= " AND (tipo capacidad >= $capacidad )";
}
}
// genera la variable para la consulta SQL
$sql = " SELECT * FROM casas '$filtro' ORDER BY comarca ASC";
...

// ejecutar la búsqueda SQL
...
?>