No te digo que uses la aplicación en .net, sino que la uses para migrar esa base de Access a MySQL. El tema es que deberá sacrificar todos los componentes de Access, o programar en PHP para generar un bridge para los datos neuvos que entran.
Lo que yo no creo es que lo puedas hacer automáticamente. Ni MySQL ni Microsoft colabora mutuamente en ese sentido, así que sólo te queda usar herramientas que tu mismo generes, o herramientas de terceros, pagas.
MySQL no puede "dialogar" con Access, y Access sólo puede usar ODBC para "ver" MySQL.
Me parece que la idea se entendía.