Mira, ahí esta el problema, en
_initNavigation, el primero
_initViewHelpers no debería ir, porque es lo que tenes en el application.ini, así que comentalo/eliminalo,el problema es que el getView del resource layout no comprueba que exista el resource view y no te toma los datos seteados en este, sino que crea uno nuevo, deberias hacer el bootstrap del view en vez del layout, algo asi:
Código PHP:
Ver original...
protected function _initNavigation()
{
$this->bootstrap('view');
$view = $this->getResource('view');
$config = new Zend_Config_Xml(
APPLICATION_PATH . '/configs/navigation.xml',
'nav');
$navigation = new Zend_Navigation($config);
$view->navigation($navigation);
}
...