Me gusta pensar que las categorías del sitio son más bien como las secciones de este, que tengan un mayor peso (y que dentro de estas pueden haber otras categorías). Por ejemplo, los blogazines en Maestros del Web
y las guías las manejamos con categorías. De alli uso custom_fields si es más un condicional "no semántico", algo que puede usarse sin importar la categoría o etiquetas del post.
Cuestión de gustos :)