Hola:
Para que no tengas que hacer modificaciones radicales en tus páginas, ten muy presente que también debe ser coherente y navegable sin javascript (para mi son puntos fundamentales)
Lo de la coherencia te lo explicarés con un ejemplo...
Tu menú tiene un botón para entrar en una galería, otro para contactar y otro de presentación... el mismísimo index.
Si entre los metadatos, tienes palabras clave como contactar y galería en el index; en la galería también tienes contactar, o presentación... tarde o temprano querrás estar en un buen posicionamiento, y ese tipo de aberraciones seguro que se penalizan. Además será preferible una distinta estética.
Yo suelo tener el menú con un include, y las necesidades de ajax las tengo en paginaciones o ampliaciones de contenido, pero sin mezclar cosas sin coherencia.
Saludos