Confirmacion de cerrar ventan molesta en los href

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Cuando vas a un enlace, aunque sea en el mismo sitio, implica que la ventana se cargue o recargue, por tanto la acción del onbeforeunload se activa, a lo cual hasta donde sé no hay remedio, a menos que tengas todo dividido en dos marcos, el global con el onbeforeunload y uno interno cargando el contenido que si va a cambiar o bien, cargando todo el contenido mediante ajax, que es de hecho como lo hago yo, ya que muestro un menú permanente y todo lo que se hace es mediante llamadas ajax.