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[masterpuppet]

Ah si me falto el tercer parámetro a true en Zend_Config_Ini sino es read-only,

Código PHP:

$default_conf = new Zend_Config_Ini(
                                    APPLICATION_PATH . '/configs/application.ini', 
                                    APPLICATION_ENV);
Zend_Registry::set('default_conf', $default_conf);
 
$config_admin = new Zend_Config_Ini(
                                    APPLICATION_PATH . '/modules/admin/configs/config.ini',
                                    APPLICATION_ENV,
                                    true);
$default_conf = Zend_Registry::get('default_conf');
$config_admin->merge($default_conf);