Hola, y gracias a todos por la atención.
Finalmente voy a crear un proceso que recorra todo el árbol de carpetas y archivos. Y donde existan acentos los reemplazaré por el caracter sin acentos (y eñes). Lo lanzaré en el server de Windows de esta manera dejo preparado directorios y carpetas antes de subirlo al de Linux.
Y lo MÁS IMPORTANTE, a partir de ahora cada vez que suba un contenido al server usaré esta función para renombrarlo por un nombre que acepte el sistema.
Código PHP:
function normalizaCadena($cadena) {
// Esta función cambia caracteres para devolver una cadena válida para almacenar en linux.
$originales = 'ÀÁÂÃÄÅÆÇÈÉÊËÌÍÎÏÐÑÒÓÔÕÖØÙÚÛÜÝÞßàáâãäåæçèéêëìíîïðñòóôõöøùúûýýþÿRr';
$modificadas= 'AAAAAAACEEEEIIIIDNOOOOOOUUUUybsaaaaaaaceeeeiiiidnoooooouuuyybyRr';
$cadena = strtr($cadena, $originales, $modificadas);
return $cadena;
}
Para la base de datos también tendré que crear un proceso que recorra las tablas y campos que puedan estar afectados para renombrarlos.
Bueno, gracias de nuevo y un saludo!