Hola,
Cita:
Iniciado por calichecal 
¿ya que el objeto JPanel lo deje en null y quedo supuestamente sin referencia no se debería eliminar del JTextPane visiblemente?
...
lo otro que supongo es que el JTexPane queda referenciando el objeto JPanel o a una copia, ...
No, porque no eliminaste todas las referencias al objeto, es decir, eliminaste 'tu' referencia al objeto pero el JTextPane todavía tiene una referencia al mismo JPanel y en este caso no es una copia.
Cita:
Iniciado por calichecal si esto es asi, como hago para eliminar ese JPanel y los recursos que este ocupa en memoria?
Mientras el JTextPane tenga la referencia no va a desaparecer de la memoria, pero en el caso del JTextPane puedes imaginarte o compararlo con una imagen insertada en en documento de Word. La forma de eliminar esa imagen en Word es borrándole.
Cita:
Iniciado por calichecal ¿donde queda el primer objeto JPanel?¿se elimina?
Código Java:
Ver originalthis.jTextPane1.setText(""); // borro el primer JPanel
En ese caso, la máquina virtual de Java por medio del garbage collector se encarga de limpiar la memoria ocupada por el JPanel cuando tenga tiempo o se le venga en gana, puesto que ya no existe ninguna referencia al JPanel, si realmente no hay ninguna referencia.
Saludos,