veras, no creo que el responsable aqui sea javascript, sino el diseño de tu documento y en cierta medida el navegador. mi recomendacion es que hagas una hoja de estilo especificamente para impreso y ahi acomode las cosas como quieres que se vean al imprimir. considera tambien lo que antes de mencione. que de hecho, para la hoja de estilo de impreso puedes omitir todos los fondos con excepcion del barcode. asi, no tienes que generar el barcode a base de imagenes pero debes asegurarte que el navegador imprima los fondos. la desubicacion de los elementos, ya eso es cosa de CSS y el navegador.
