Bueno, eso es lamentable. Sería mucho mejor que tuvieses una aplicación que genere la consulta y no que tengas que escribir la consulta a mano todas las veces.
No entiendo bien lo que estás haciendo, pero es tu decisión.
Yo la mejor solución que te puedo sugerir es crear una tabla TEMPORARY con una sola columna VARCHAR(), en la cual cargues ese archivo por medio del
LOAD DATA. Una vez hecho eso, sólo tienes que hacer un INNER JOIN entre la tabla que consultas y la tabla TEMPORARY y tendrás los resultados buscados.
Como la tabla TEMPORARY sólo existe durante la conexión, la próxima vez que te loguees en MySQL habrá desaparecido completamente y podrás inciar todo el proceso otra vez, con un archivo nuevo.
Pero, como te dije, hacerlo desde una aplicación es inmensamente más sencillo.