Hola BatiK:
Tienes que modificar el atributo src de los 2 iframes:
document.getElementById("derecho").src = "derecho.html";
document.getElementById("izquierdo").src = "izquierdo.html";
Esta forma necesita tener el atributo id en los iframes...
Creo que también puedes usar el atrubuto target, y usar un link normal (etiqueta a), y el segundo iframe abrirlo con window.open, y como segundo parámetro usar el "target"...
Espero que te sirva.
Saludos
