Cuando se hace un proyecto la forma normal (básica) es entregar una media con:
1.- Los códigos fuentes
2.- Documentación técnica
3.- Manual de instalación
4.- Manual de usuario
5.- Setup con los prerequisitos
6.- Firma de documento de aceptación
Como plus se da con un soporte de ciertos días (depende) por cualquier problema que tenga la aplicación, siempre y cuando no le hayan metido mano al código fuente porque de lo contrario se pierde la garantía
El setup lo puedes hacer con VS y es muuuy sencillo hacerlo, te dejo una referencia
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/19x10e5c.aspx
Salu2