Yo en ese caso para evitar tener el public en la url (
http://www.sitio.com/public/), montaria todo lo publico en htdocs, y a la par application y library, y modificaria el index.php para que lea las carpetas de APPLICATION_PATH directamente en esa carpeta y library también, al final tendrías algo así:
/htdocs/application
/htdocs/library
/htdocs/css
/htdocs/images
/htdocs/index.php
Saludos.