Servidor DNS Bind

[xxxivanxxx]

osea yo quiero tener mis propias DNS asi ns1.midominio.com y ns2.midominio.com, bueno como tengo solo 1 IP dedicada he creado los esos nameservers en el panel de mi dominio apuntando los dos hacia mi IP.
hasta ahy bien pero cuando quiero agregar otro dominio lo agrego poniendo los nameservers a ns1.midominio.com y ns2.midominio.com y hasta ahy sin configurar nada el bind entra a la misma carpeta del dominio principal eso que he creado los virtualhost en apache, por favor si alguien me puede ayudar ...