buenas,
no he probado el script pero me parece que es normal segun sea el navegador. por ejemplo, no recuerdo bien si firefox se comporta de esa manera. especificamente porque se activo una ventana modal (alert, confirm, prompt) el cual parece que son ventanas de diferentes ambitos. de tal forma que la ventana principal no queda activada. recuerdo que tenia un problema parecido pero no recuerdo con que exactamente era. primero trata de confirmar si es una cuestion de firefox o de todos los navegadores.