Ingresar datos desde php a tablas relacionadas en base de datos normalizada MySql

[lobo_php]

No comprendo muy bien, pero si es lo de extraer datos de una tabla para insertarlos en otra lo puedes hacer con un INSERT SELECT

INSERT INTO tabla_a_llenar SELECT valor1, valor2, valor3 FROM tabla2 WHERE tus_condiciones y con respecto a lo de la fecha, si lo estás guardando en un varchar con el formato dd-mm-yyyy por que lo insertas con el formato d-m-yy tu función entonces debería quedar así date(Y.m.d) que mostrará, por ejemplo, 13.06.2011 y con los ceros te mostraría 03.05.2011 y no 3.5.2011 que es como lo tienes