bueno yo por lo general uso algo así:
- index.php (que incluye header, footer y a veces tambien css y js, con un include a las demas páginas que muestro con AJAX XD)
- img/ (siempre hago una carpeta aparte para las imágenes)
- func.js (funciones js que uso seguido, a veces incluyo AJAX aquí)
- func.php (funciones php que uso seguido)
- cnx.php (conexiones (a veces incluyo las sesiones y los logs aquí))
- style.css (estilos css que uso en algunos elementos)
- carpeta_seccion/ (algunos archivos especiales los agrupo en carpetas como por ejemplo los archivos relacionados con el panel de control o administración)
- fuentes/ (una carpeta de fuentes para usar en imágenes generadas por PHP, PDFs y CSSs)
- media/ (una carpeta para poner botones y flash)
- classes/ (por supuesto también una carpeta para poner las clases (PHPMailer y DOMPDF por defecto))
a veces también pongo paginas de error 404 o similares...
me gustaría saber como organizan sus carpetas los maestros jedi :O