buenas,
yo lo que observo es que ese cuadro esta dentro del div#mod. luego, cuando la modificacion se realiza -especificamente cuando se pulsa el boton modificar- alguna funcion modifica los elementos del div#tabla agregando a este otro elemento div#contenedor el cual a su vez tiene otro div#mod similar al anterior. entonces, la segunda vez que se desea modificar un registro la funcion encuentra este ultimo div#mod en lugar del anterior. por tanto, al haber diferencia en localizacion de elementos, estos se muestran en distintos lugares. no te puedo ayudar mucho porque estas usando librerias, cosa que no manejo, pero te recomiendo que uses algun inspector de elementos como el que tiene firebug o el de chrome para que veas como tus funciones estan afectando los elementos.
