Saludos a todos.
Ya solucioné mi problema. Aunque nunca pude encontrar el error lo hice de otra manera (no es la más optima pero funciona).
Cree un Connection a partir del EntityManager y se lo pasé como parámetro
Código:
EntityManager manager = ControladorSingleton.getEntityManager(); // esto funciona
Connection conexion = manager.unwrap(java.sql.Connection.class);
Map<String, Object> aux = new HashMap<String, Object>();
aux.put("REPORT_CONNECTION", conexion);
JasperPrint jasperPrint = JasperFillManager.fillReport(reporte, aux);