El paginado se agrega solo y las clases no vas a  verlas a menos que uses un inspector de elementos (como el de Chrome). Creo que debería haberte dado más información :P
 
El enmarcado que el plugin genera es este:   
Código HTML:
Ver original- <div class="rotar_paginado"> 
-             <a href="#" class="paginado_actual">- 1 </a>
 
-             <a href="#" class="">- 2 </a>
 
La clase "paginado_actual" va rotando entre los elementos para mostrar cual es el actual. Entonces, en tu CSS apuntá a esa clase para dar el estilo de "activo" (puede ser usar de fondo el cosito azul que querías) y a los demás con otro estilo (el boton rojo). 
Para que te los muestre alineaditos deberías flotarlos. Acá te paso otro ejempl rápido para que veas:   
Código HTML:
Ver original- <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN"> 
-    
-     /*simple reset*/ 
-     *{margin:0; padding:0;} 
-      
-     /*estilizar los banners */ 
-     #banners ul > li{ 
-         width:200px; 
-         height:200px; 
-         list-style:none; 
-         background:yellow; 
-     } 
-      
-     /*estilo para TODOS los items del paginado*/ 
-     .rotar_paginado li{ 
-         float:left; 
-         margin:5px; 
-     } 
-     /*estilo para SOLO para el item de paginado actual*/ 
-     .paginado_actual{ 
-         color:red; 
-         background:blue; 
-         font-weight:bold; 
-     } 
-   
-   <script type="text/javascript" src="jquery-1.5.1.min.js" ></script> 
-   <script type="text/javascript" src="rotar.divs.js" ></script> 
-   <script type="text/javascript"> 
-     $(function(){ 
-         $('#banners').rotarContenedores({ 
-             tiempo : 1000,  // tiempo de espera entre cada transicion 
-             auto : true     // rotar automaticamente? 
-         }); 
-     }); 
Le puse otros estilos más para que entiendas.